Minden a legnagyobb rendben indult, amikor Jason Brody és néhány barátja megérkezett Rook szigetére, hogy kikapcsolódjon, pihenjen és sportoljon egy kicsit. Az álomutazásból azonban csakhamar igazi rémálom válik, amikor egyik reggel egy bűnbanda főhadiszállásán, egy ketrecben ébred fel.
Mint kiderül, a csodálatos szigetet egy bűnöző csoport tartja rettegésben, akik előszeretettel terrorizálnak turistákat is, célpontjuk pedig ezúttal Jason lett, akinek néhány barátját már ki is végeztek a rablás során, de hősünknek sikerül megszöknie, de menekülés helyett inkább bosszút esküszik elrablói ellen.
A Far Cry 3-ban lehetőséged nyílik szabadon bejárni Rook szigetét, miközben összecsaphatsz az őrült vezér, Vaas embereivel. Vezess járműveket, szerezz fegyvereket, fordítsd saját hasznodra az élővilágot, gyűjts újabb barátokat és tegyél újra rendet a környéken egy izgalmas, nyitott világú akciójátékban.