A sztori 2080-ba repíti a játékost, egy olyan világba, ahol a robotika már a mindennapok része, és a két lábon járó gépek jelenléte legalább annyira természetes, mint ébredés után bedobni egy kávét. Ezt a látszólag idilli világot zavarja meg az a felfedezés, hogy már léteznek olyan fejlett gépek, amelyek képesek elvegyülni az emberek között, miközben maguk sem tudják, hogy a bőr és a hús alatt egy fémváz és egy mesterséges intelligencia dolgozik. A ?Hollow Child?-nak nevezett beépülő robotok lelepleződése után az ENSZ kezdeményezésére egy nemzetközi elit alakulat érkezik Japánba, hogy felderítsék, pontosan honnan is származnak a minden képzeletet felülmúló biomechanikus gépezetek.
