Az alfa protokoll feladata egyértelműek ha egy ügynök úgy érzi, hogy az ügynökségbe kém férkőzött vagy elárulták, akkor kénytelen eltűnni a színről és magánnyomozást folytatni a tettesek felkutatása érdekében. Michael Thornton pontosan ezt teszi, a CIA elit ügynökeként magánnyomozásba kezd.